Mam s HB (HANDBRAKE) zkusenosti, v podstate jsem mel poprve stejny problem

. Chyba byla v nastaveni (videa) :
H.264 pro iPOD a orez. zdroje na 480 x 320

(ci 480 x ekvivalent. hodnota), ale funguje i klasicky .MOV (v prislusnem rozliseni).
Pokud chces konvertovat na Mac-u, je to nejlepsi alternativa a spolu se SUBMERGE (asi ta nejpouzivanejsi).
O konvertovani na PC se toho napsalo dost (staci se podivat na foru).